A primeira legislação florestal do país, o Regimento Pau Brasil foi aprovado em 12 de dezembro de 1605. O Regimento dispôs sobre permissões especiais para o corte e exploração do pau-brasil e estabeleceu o direito de uso sobre as árvores e não sobre as terras, destinou reservas florestais para Coroa, proibindo o uso agrícola. Esse regimento foi importante até 1875 com a entrada da anilina no mercado.
D. Filipe, através do Regimento Pau Brasil, editado em 1605, estabeleceu condições para sua exploração, constituindo-se na primeira manifestação legal de proteção à cobertura florestal em solo brasileiro.

 Em 1638, um Edital estabeleceu a obrigatoriedade de consórcio para o cultivo de cana de açúcar com a mandioca. Neste mesmo ano é implantado o primeiro jardim botânico e também um zoológico em Recife/PE.
Em 1641 foi proibido o corte de cajueiros (Anacardium ocidentale L.). Na sequência, em 1642 proibiu-se o lançamento de bagaço de cana de açúcar em rios e açudes. Essas decisões foram tomadas por Nassau durante a ocupação holandesa em Pernambuco.

A Coroa portuguesa instituiu, em 19 de abril de 1702, o Regimento do Superintendente Guarda Mores e Oficiais para as Minas de Ouro, estabelecendo a autoridade real na administração da atividade mineradora.

Esse Regimento, mantido com algumas alterações até o Império, criou o cargo do Intendente das Minas, com atribuições que não dependiam das demais autoridades coloniais, porém obedecia e prestava contas ao governo. Entre as múltiplas funções do administrador, a mais importante era cobrança do imposto denominado quinto, correspondente a 20% da produção para Portugal.

Foi abolida a escravidão indígena na América Portuguesa em 1758. Em 1760, um Alvará real de D. José I, expediu um alvará para a proteção dos manguezais, proibindo o corte das árvores que tinham as cascas utilizadas no curtimento de couros.

A Coroa portuguesa, em 1786, criou a figura de Ouvidor e Juiz Conservador das Matas.  A edição de Cartas Régias estabeleceu restrições e um regulamento rigoroso, detalhado sobre o uso, corte e comercialização de madeiras nobres como o pau-brasil, cedro, mogno e outras.

Entre 1797 e 1799, essas Cartas Régias objetivaram a proteção da indústria naval portuguesa, em face da falta de madeiras no Arsenal Real da Marinha de Lisboa, inviabilizando a construção de navios de guerra.

Com o avanço da exploração florestal ao longo da costa, foram escasseando as espécies de maior valor econômico, surgindo a necessidade de estender a exploração vegetal para o interior, com minuciosas normas, cujo o descumprimento, o infrator recebia a pena de degradado, durante dois anos fora da comarca.  

A Carta Régia editada em 1797 determinou a necessidade de proteção a rios, nascentes e encostas, passando os mananciais para o domínio da Coroa.

          Foi outorgado um regimento sobre o Corte de Madeira no Brasil, a 11 de julho de 1799, com a finalidade de atuar sobre a exploração das matas e florestas, estabelecendo regras sobre derrubada das árvores, desde os sistemas de corte até a comercialização da madeira, além de outras restrições.

As Ordens Régias foi motivo de tensões entre os administradores locais, os plantadores de mandioca e os pequenos fabricantes de barcos que se sentiram prejudicados nos seus direitos para expandir o cultivo de mandioca e construção de pequenos barcos.

Por conta da pressão e grande repercussão das insatisfações nas capitanias ainda sob o impacto da Conjuração Baiana de 1798, seis meses após foi enviado o regimento pelo Príncipe Regente D. João, ao governador sobre a situação do corte de madeira apenas para o uso para os engenhos e abertura de áreas para plantio de mandioca. O recuo em nome da manutenção da ordem exigiu somente que o corte de madeira nas terras doadas fosse autorizado pelo Ouvidor e Juiz Conservador.

A título de informação, a Conjuração Baiana, também conhecida por Revolta dos Alfaiates, resultou da insatisfação das elites com o governo metropolitano que prejudicava as atividades econômicas da classe, além disso, no final do século XVIII, em Salvador, a fome afetava a qualidade de vida de todos. Teve como objetivos principais o rompimento com Portugal e a abolição da escravatura.

Em 1800, nova Carta Régia foi outorgada, determinando a todos os proprietários de terra, reservarem uma faixa de terra equivalente a 10 léguas para conservar todas as espécies de interesse da coroa portuguesa. Outra iniciativa para criação de áreas protegidas por lei

José Bonifácio foi um dos mais importantes naturalistas, poeta, escritor do Império luso-americano. Ele administrou em Portugal espaços governamentais diretamente ligados às minas e mineração. Nos espaços governamentais portugueses produziu importantes memórias e relatórios, muitos dos quais ficaram manuscritos até os dias de hoje.

Diante de suas ideias naturalistas, José Bonifácio, conhecido Patriarca da Independência do Brasil, recomendou em 1802, a realização do primeiro reflorestamento nas áreas costeiras brasileiras bastante devastadas. Foi editado o Alvará de Regimento das Minas e Estabelecimentos Metálicos que exigia ordem da Administração das Matas e Bosques para a venda de madeiras, lenhas por particulares, ou para se fazer queimadas.

Foi expedida na Bahia uma Carta Régia, abrindo os portos brasileiros ao comércio internacional, com exceção do pau-brasil. Este fato ocorreu exatamente em 28 de janeiro de 1808. 

Com a chegada da família Real ao Brasil, O príncipe regente, D. João VI, em 13 de junho de 1808, surgiu primeira unidade de conservação, com a criação do Jardim Aclimação, em outubro de 1808, passou a ser denominado Real Horto Botânico do Rio de Janeiro, com 2500 hectares (atualmente 137 ha), tombado pelo IPHAN em 1938.

A criação do Real Horto, inicialmente, visava a conservação de espécies com a finalidade de aclimatação das provenientes das Índias. Foi muito importante para o direito ambiental brasileiro e marco inicial, resultando na criação do Sistema Brasileiro de Unidades de Conservação (SNUC).

Em 1809, D. João VI expediu uma ordem prometendo liberdade aos escravos para denunciar os contrabandistas de pau-brasil.

A Carta Régia, sancionada em 1810, determinou o Estabelecimento Montanístico da Extração de Ferro das Minas de Sorocaba.

A escassez de pau-brasil e a necessidade de recuperação de áreas degradadas, em 1813 foram sancionadas normas com instruções para reflorestamento da costa litorânea brasileira, e caçada a competência do Ouvidor para autorizar corte de árvores.

A proibição do corte de árvores no entorno do rio Carioca, no Rio de Janeiro, com base no Decreto de 03 de agosto de 1817, caracterizando a importância da vegetação ciliar na preservação das nascentes.

Em 1821, foi promulgada a primeira legislação sobre o uso da terra e regularização fundiária estabelecendo a manutenção das florestas em 1/6 das áreas vendidas ou doadas. Ao final do período Colonial a Constituição portuguesa responsabilizou as câmaras municipais para plantar árvores nos terrenos dos conselhos.